「デスクトップにファイルを置かない」といわれることは多く、私もそうオススメしています。
「なぜ置かないのか？」について、再度検証してみました。

デスクトップにファイルを置かない私の事情

私はデスクトップにファイルを絶対置きません。
勝手にアイコンが作られるソフトもありますが、即削除します。

デスクトップにファイルを置かない事情があり、そうしたい理由があるからです。
次の6つの理由から、デスクトップにファイルを置いていません。

1　気が散る

PCを操作しているときに、デスクトップがちらっと見えることは多いです。
そのときにファイル名や他のものが目に入ると、気が散ります。
そういうことがないように、何も置かないようにしています。

2　見栄えが気になる

デスクトップにファイルがずらっと並んでいると、見栄えがよくありません。
なんとなく散らかっている感じがするのです。

3　セミナーをやることが多い

私は月に数回セミナーをやっています。
セミナーは、ほとんどがPCを使うタイプで、セミナー中も普段使っているPCを使います。
デスクトップにファイルやアイコンがあると、参加者の方に見えてしまうのです。

私が参加側だと、非常に気になります。
「あのファイル名は見えちゃまずいんじゃ…」というケースもありました。

セミナー前にデスクトップを整理するという方法もあるのでしょうが、普段から整理しておくにこしたことはありません。

4　お客様に見せる機会が多い

お客様と打ち合わせをする際も、PCを使うことが多いです。
実際の数字を見せたり、税金や決算の数値を試算したりしています。
その際に、デスクトップ上のファイルが見えると、気になったり、機密がもれたりする可能性があります。

5　Dropboxで連動している

一部のファイルを除いて、Dropboxに保存しています。
Dropboxに保存しておくと、他のPCやスマホから閲覧・編集ができますし、バックアップにもなるからです。
Dropboxを活用するには、原則として、＜Dropbox>というフォルダに入れる必要があります。
デスクトップにあるファイルは、共有やバックアップの対象ではないです。

6　仮のファイルは特定のフォルダに保存

仮に作ったファイルやダウンロードしてきたファイル、さらには新規に作ったファイルをデスクトップに保存する方もいらっしゃるかもしれません。
私の場合は、特定のフォルダ（私の場合は、「INBOX」（受信箱）というフォルダ）にすべて入れて、翌日に整理しています。
いらないものは捨て、必要なものは、きちんとファイル名を付けて保存します。

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7　よく使うファイルは別の方法で開いている

よく使うファイル、毎日使うファイルをデスクトップに置く方も多いかと思います。
私は、「最近使ったファイルを開く」という機能を使っているため、デスクトップには置きません。
例えば、Excelなら、［最近使用したファイル］という画面があります。

これまで開いたファイルの履歴が表示されるものです。
開いたものが新しい順に表示されるので、もし常時一覧へ表示したいときは、ファイル名の右にあるピンをクリックしてみてください。常時そのファイルが一覧に表示できます。

デスクトップにファイルを置くとPCが遅くなる？

「デスクトップにファイルを置くと、PCが遅くなる」
といわれることがありますが、私はそうは思いません。

PCの性能が低かった昔はともかく、今のPCにはそれほど影響がないのではないかと思っています。

ソフトへのショートカットは置いてもいい？

デスクトップには、ファイル（Excel、Wordなど）の他、ソフト自体、ソフトへのショートカットが置かれることがあります。
ソフトやショートカットを置くか置かないかは好みでしょう。

私はソフトやショートカットも置きません。
別の方法で開いているからです。

Macなら、Dockや

LaunchPad、

Windowsならスタートメニューです。
（Windowsキーを押して方向キー＋Enterキーを使えば、キーボードだけで開くこともできます）

タスクバーにもソフトやファイルを固定できます。

Windowsの場合、ソフトへのショートカットは、アイコンの左下に矢印がついています。
元のソフトが他の場所にあり、その場所へのリンクですので、削除しても問題ありません。

PCを買ったときには、大量にこのショートカットが置かれている場合も多いです。
削除していいかわからないときは、まとめてフォルダに入れて、別の場所（見えない場所）に置いておきましょう。
必要になったら、そこから取り出せばいいのです。

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ーーーまとめーーー

デスクトップも含め、PC内が整理整頓されているかというは、効率化にかなりの影響があります。
必ずしも一致しませんが、「デスクトップにファイルを置かない」ということと、仕事の効率やPCが整理されているかということは、相関関係がある気がします。